A halmozottan hátrányos helyzetű, közöttük a tanulók egyre nagyobb hányadát jelentő cigány származású gyermekek többségét Jászapátiban magatartászavarra hivatkozva elkülönítik a többiektől.

Szabó Máté ombudsman vizsgálati jelentésében írja, hogy az önkormányzat 2007-ben hivatalosan azért vonta össze két iskoláját, hogy a  magatartászavaros  gyermekek elkülöníthetőkké váljanak, és így a  tanulni vágyó  gyermekek számára jobb feltételeket biztosíthassanak. Háromszintű képzési szerkezetet hoztak létre, amelyben a gyerekeket  magatartásuk  alapján sorolták az  egyéni haladású , az  esélyteremtő , és az  általános  tagozat egyes osztályaiba, miközben a  magatartászavaros  tanulókat – más iskolaépületbe helyezve – a többiektől térben, fizikailag is elkülönítették.

Az intézmény pedagógiai programja és egyéb iratok elemzésével azonban kimutatható, hogy valójában az iskola  elcigányosodását   akarták megállítani az intézmény-összevonással, valamint a tehetséggondozás és a felzárkóztatás feladatainak háromszintű osztályrendszerben való ellátásával. A térbeli elkülönítéssel pedig az akarták elérni, hogy a  magatartászavarosnak  minősített tanulók a tanórák közötti szünetekben se találkozhassanak a többi gyermekkel. Az intézményfenntartó önkormányzat a sajátos osztályba soroláson és a telephelyek közötti speciális munkamegosztáson alapuló rendszer létrehozásával azt is meg akarta előzni, hogy a gyermekeik fejlődési lehetőségeit szem előtt tartó szülők a két intézményből a tanulókat a továbbiakban is elvigyék más települések iskoláiba.

Az intézmény gyakorlatában az esélyteremtő osztályok a tananyagot lassúbb tempóban sajátítják el, a súlyponti tantárgyakat – a magyart és a matematikát - az általános osztályokhoz képest kisebb, a készségtárgyakat nagyobb óraszámban tanulják. A tagozatok elvileg átjárhatóak, valójában azonban az esélyteremtőnek nevezett osztályokban tanulóknak legalább a fele nem kapott igazi esélyt arra, hogy  normál  osztályban, azonos tantárgyi struktúrát tanulva, azonos minőségű, színvonalú oktatáshoz jusson. Az átjárhatóság a gyakorlatban egyébként is a szegregáció lényegét nem érintő változást jelent: az átjárás iránya az esélyteremtő   cigányosztályból  az általános tagozatos  cigányosztály  felé mutat.

Az ombudsmani jelentés megállapította, hogy ez az osztályba sorolási rendszer céljában is és eredményében is visszás, jogellenes elkülönítésnek, közvetlen hátrányos megkülönböztetésnek minősül, sérti az azonos minőségű oktatáshoz való jogot. A biztos felhívta a figyelmet arra, hogy az állam szerveinek különösen fontos kötelessége hivatalból fellépni, hatékony intézkedéseket tenni azon gyermekek, tanulók jogainak és jogos érdekeinek a védelme érdekében, akiknek a családja a nekik okozott hátrányt nem ismeri fel.

Az alapvető jogok biztosa az egyenlő bánásmód követelményének hatékonyabb érvényesíthetősége érdekében jogalkotási javaslatokkal az oktatásért felelős miniszterhez fordult, illetve az iskola jogellenes működésével kapcsolatban a megyei kormányhivatal vizsgálatát kérte. A vizsgálat lezárása után szerzett tudomást az ombudsman arról, hogy a helyi önkormányzat és az egri főegyházmegye között folyamatban van az iskola fenntartói jogainak átadás-átvételi eljárása. Ezzel kapcsolatban Szabó Máté jelezte az érintetteknek, hogy a fenntartóváltás alapjogi vizsgálatát is tervezi.